医院始建于1956年，是首批“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”之一、南京中医药大学南通附属医院和南通大学附属南通中医院。医院科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显著。共有一级临床和医技科室25个，二级临床科室13个，核定床位800张。目前，外科为国家卫健委临床重点专科（中医专业）及国家中医药管理局重点专科；脾胃病科为国家中医药管理局重点专科建设单位；中医外科学和中医脾胃病学为江苏省中医药重点学科；脾胃病科、骨伤科、妇科，肺病科、肾病科为省重点专科。另有14个市级重点专科。
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